Fruit de 40 ans de recherches archéologiques subaquatiques réalisées par le Centre de Recherches et d’Etudes Scientifiques (CRESS), le musée présente une collection rassemblant 450 objets témoignant de la vie quotidienne des humains et leur environnement depuis le néolithique jusqu’à nos jours. L’espace d’exposition permanent, divisé en 3 sections chronologiques (néolithique, âge des métaux et antiquité) développe les thématiques de l’habitat, l’artisanat, l’agriculture, l’élevage, la métallurgie et la navigation. La muséographie intègre documentations, films, maquettes et permet une découverte interactive du musée.
La présence sous l’eau de 5 sites archéologiques s’explique par la mise en place du lac durant les trois derniers millénaires. Pensé en lien étroit avec la géographie et l’environnement, le parcours propose trois clefs de lecture mettant en scène le patrimoine, le milieu et l’archéologie subaquatique autour de 3 thèmes «l’eau, le sable et l’homme».
Le musée dédie également ses espaces aux activités culturelles en direction du jeune public (visites pédagogiques, ateliers périscolaires) ainsi qu’à un point boutique.